Deux sujets se cachent derrière le mot « facture » en kinésithérapie, et ils n’ont rien à voir l’un avec l’autre.
Le premier, c’est la note d’honoraires que vous remettez à un patient — pour un acte non pris en charge, pour sa mutuelle, ou parce qu’il la demande. Le second, c’est la réforme de la facturation électronique, dont la première échéance tombe le 1er septembre 2026 et qui concerne les factures que vous recevez.
Beaucoup de kinésithérapeutes pensent être hors du champ de cette réforme parce que leurs actes sont exonérés de TVA. C’est une erreur de lecture, et elle peut coûter cher. Commençons par là, puisque l’échéance est imminente.
La facturation électronique : pourquoi vous êtes concerné
Exonéré ne veut pas dire hors du dispositif
Vos actes de soins sont exonérés de TVA au titre de l’article 261, 4, 1° du code général des impôts. Mais la réforme ne vise pas les opérations exonérées : elle vise les assujettis à la TVA établis en France.
Or vous êtes un assujetti. L’exonération porte sur ce que vous facturez, pas sur votre qualité fiscale. Dès lors que vous exercez une activité indépendante avec un SIREN, vous entrez dans le champ de la réforme — au minimum sur un point.
Ce qui devient obligatoire au 1er septembre 2026
L’obligation de réception. À compter de cette date, tout assujetti doit être en capacité de recevoir des factures électroniques via une plateforme agréée par l’administration fiscale.
Cela vise vos achats professionnels auprès de fournisseurs assujettis établis en France : matériel de rééducation, consommables, énergie, téléphonie, loyer professionnel, logiciel métier, télésecrétariat, expert-comptable. Tous ces fournisseurs vont basculer leurs factures dans le circuit électronique. Si vous n’avez désigné aucune plateforme agréée, vous ne les recevrez plus.
Cette obligation est universelle : elle ne dépend ni de la taille de votre structure, ni de sa forme juridique. Exercice en nom propre, SELARL, SCP, SCM — tout le monde est concerné.
Ce dont vous êtes dispensé
C’est la bonne nouvelle, et elle est substantielle. Si vous ne réalisez que des actes exonérés, vous n’avez aucune obligation supplémentaire :
- pas d’émission de factures électroniques pour vos séances ;
- pas d’e-reporting sur vos honoraires de soins.
Vos feuilles de soins électroniques continuent de circuler exactement comme aujourd’hui, via SESAM-Vitale. Les deux circuits sont totalement distincts : la FSE relève de l’Assurance Maladie, la facture électronique relève de l’administration fiscale. Ne confondez pas les deux — c’est la source de confusion la plus fréquente sur ce sujet.
Le cas des activités taxables
Si une part de votre activité sort du champ de l’exonération, la situation change pour ces opérations seulement. Sont potentiellement concernées : les redevances de collaboration, certaines prestations facturées à des structures, la vente de produits, ou toute activité annexe soumise à TVA.
Dans ce cas, les obligations d’émission et d’e-reporting s’appliquent à ces opérations, selon un calendrier qui dépend de la taille de la structure — 1er septembre 2026 pour les grandes entreprises et les ETI, 1er septembre 2027 pour les PME, TPE et micro-entreprises, catégorie dont relève l’immense majorité des cabinets libéraux.
Si vous êtes dans ce cas de figure, c’est un point à traiter avec votre expert-comptable plutôt qu’à trancher seul.
Ce qu’il faut faire avant le 1er septembre
Quatre étapes, dans cet ordre :
- Vérifier votre statut. Vos actes sont-ils intégralement exonérés, ou avez-vous une activité taxable à côté ?
- Choisir une plateforme agréée et la déclarer. C’est le point bloquant : sans plateforme désignée, pas de réception.
- Vérifier votre logiciel. Certaines solutions de gestion ou de comptabilité intègrent déjà la réception des factures électroniques. Autant ne pas empiler un abonnement de plus.
- En parler à votre expert-comptable, qui traite le sujet pour l’ensemble de ses clients et saura vous orienter.
Un critère de choix souvent négligé : les factures entre professionnels de santé peuvent contenir des informations sensibles. Privilégiez une plateforme dont l’infrastructure est hébergée en France ou dans l’Union européenne.
La note d’honoraires au patient
Passons au second sujet, plus quotidien.
Quand faut-il en émettre une ?
Dans trois situations principales :
- un acte non remboursable ou hors nomenclature, réglé directement par le patient ;
- une demande du patient pour sa complémentaire santé, ou pour sa comptabilité personnelle ;
- un dépassement ou une prestation particulière, dans les cas où la convention l’autorise.
Ce que la note doit contenir
Une note d’honoraires en kinésithérapie doit permettre au patient et à son organisme complémentaire d’identifier sans ambiguïté qui a fait quoi, quand, et pour quel montant. Concrètement :
Vous concernant :
- vos nom et prénom, votre qualité de masseur-kinésithérapeute ;
- l’adresse de votre lieu d’exercice ;
- votre numéro d’identification RPPS ;
- votre numéro SIRET et, le cas échéant, la forme juridique de votre structure.
Concernant le patient et l’acte :
- les nom et prénom du patient ;
- la date de réalisation de l’acte ;
- la nature de l’acte, décrite clairement ;
- le montant réclamé et le mode de règlement.
Les mentions de cadrage :
- l’indication que les actes sont exonérés de TVA au titre de l’article 261, 4, 1° du CGI ;
- le numéro de la note et sa date d’émission ;
- votre appartenance à une association de gestion agréée, si c’est le cas, avec la mention correspondante.
Conservez systématiquement un double. C’est autant une obligation comptable qu’une protection en cas de contestation.
Le cas des actes hors nomenclature
Si vous facturez un acte qui ne figure pas à la NGAP, deux réflexes s’imposent.
L’information préalable du patient. Il doit savoir, avant la séance, que l’acte ne sera pas pris en charge et connaître le montant qui lui sera demandé. Un devis écrit est la meilleure protection pour les prises en charge d’un certain montant.
La distinction sur la note. Ne mélangez pas sur un même document des actes conventionnés et des actes hors nomenclature sans les distinguer clairement. La complémentaire du patient doit pouvoir faire le tri.
Questions fréquentes
Suis-je concerné par la facturation électronique si tous mes actes sont exonérés de TVA ? Oui, pour la réception. Vous restez un assujetti, et vos fournisseurs vous adresseront leurs factures par le circuit électronique dès le 1er septembre 2026. Vous n’avez en revanche ni facture à émettre ni e-reporting pour vos actes de soins exonérés.
La feuille de soins électronique est-elle une facture électronique ? Non. Ce sont deux circuits distincts : la FSE relève de l’Assurance Maladie, la facture électronique de l’administration fiscale. La réforme ne change rien à votre télétransmission.
Que se passe-t-il si je n’ai pas désigné de plateforme agréée ? Vous ne serez plus en capacité de recevoir les factures de vos fournisseurs assujettis, avec les conséquences pratiques et comptables que cela suppose.
Faut-il une note d’honoraires pour chaque séance conventionnée ? Non. La feuille de soins électronique tient lieu de justificatif pour les actes pris en charge. La note d’honoraires intervient pour les actes réglés directement par le patient ou sur sa demande.
Dois-je faire figurer mon numéro ADELI ? Le numéro RPPS s’est substitué au numéro ADELI comme identifiant des masseurs-kinésithérapeutes. C’est lui qui doit figurer sur vos documents.
Sources
- Code général des impôts, article 261, 4, 1° — exonération des soins dispensés par les membres des professions médicales et paramédicales
- Ordonnance n° 2021-1190 du 15 septembre 2021 ; articles 289 bis à 290 A du CGI
- Assurance Maladie — Facturation et rémunération, masseur-kinésithérapeute
- Direction générale des finances publiques — réforme de la facturation électronique
Article mis à jour en août 2026. Les modalités d’application de la réforme évoluent : vérifiez le calendrier et la liste des plateformes agréées auprès de la DGFiP et de votre expert-comptable.
